Свое название поселок получил от названия деревни Выгоничи. Происхождение этого топонима дается исследователем Брянского края Я. Д. Соколовым в книге «Тайну веков хранящие», где он говорит что название пошло от слова «выгон» - место, где пасут домашних животных, пастбище, сборное место для стада,  откуда его гонят на дальнее пастбище.
Центр поселка Выгоничи в прошлом находился не там, где мы привыкли его считать. Он был связан с такими населенными пунктами как: Козловка, Кожановка, Чертовичи, Ореховичи, которые в настоящее время включены в его состав. Происхождение этих топонимов не дается, видимо это связано с неблагозвучностью названий данных населенных пунктов.
В XVI веке на данной территории формируется первая местная административно-территориальная единица - Козловская или Вознесенская волость с центром в с. Козловка. Козловская волость была вотчиной Вознесенского  монастыря, что в Москве, в кремле городе. После секуляризации монастырских земель крестьяне этих селений стали государственными, но Козловка вплоть до 1860-х годов оставалась волостным центром.
Наши земли не обошло лихолетье Смутного времени, когда по Брянскому уезду проходили отряды самозванцев шайки польского шляхтича хана Лисовского. На некоторое время эти места превратились в пустошь.
В 1760 году на средства прихожан в селе Козловка был построен двухэтажный деревянный храм, просуществовавший до 1867 года.
Почва этих сел и деревень плохая, урожаи были очень низкими. Часто случались голодовки. Выращивали крестьяне из яровых преимущественно гречиху, но наиболее доходной была конопля. Из заработков наибольшее значение имел извоз. В селениях Козловка и Рынок была общая водяная мельница. Доходы от её использования делились по числу душ и шли на мирские нужды.
В конце XIX века начинается строительство Полесской железной дороги, что способствовало появлению железнодорожной станции, которая первоначально получила название Кресты, а затем Выгоничи, т.к. железнодорожное полотно предполагали проложить именно через с. Выгоничи. Первый поезд из Брянска в Унечу через станцию Выгоничи прошел 1 августа 1887 года. Железнодорожная станция играла важную роль в жизни крестьян т.к. давала им возможность дополнительного заработка.
В 1919 году со станции Выгоничи была произведена отправка первого Ленинского полка под командованием Гришелева. 1 сентября 1939 года поселок становиться центром Выгоничского района.